Terug naar overzicht

14.05.2019 | Onderzoekscall: Inventarisatie gegevens over natuurlijke genoomveranderingen

De Commissie Genetische Modificatie (COGEM) laat ter ondersteuning van haar werkzaamheden onderzoek door derden verrichten. Voor een van deze projecten wordt een uitvoerder gezocht. Geïnteresseerden worden opgeroepen projectoffertes in te dienen.

Offertes kunnen gericht worden aan: F. van der Wilk, Secretaris COGEM; info@cogem.net of Postbus 578, 3720 AN Bilthoven.

Indien van projectoffertes is mogelijk tot: 14 juni 2019

Inschrijving op opengestelde projecten is niet aan voorwaarden gebonden en staat open voor elke geïnteresseerde. Oproepen tot inschrijving worden onder meer op de COGEM website en in de e-mail nieuwsbrief gepubliceerd. De commissie streeft ernaar om tenminste drie offertes per project te ontvangen.

De offerte moet tenminste een duidelijke beschrijving bevatten van de voorgestelde werkzaamheden en een inzichtelijke begroting. Dit betekent dat er een duidelijke koppeling moet zijn tussen de begrote kosten en de voorgestelde werkzaamheden onder vermelding van het aantal ingeschatte uren en een specificatie van de uurtarieven.

Het project zal begeleid worden door een commissie van deskundigen. Deze begeleidingscommissie zal in aanwezigheid van de uitvoerders minimaal drie keer bijeenkomen. De uitvoerders zullen de resultaten van hun onderzoek presenteren in een vergadering van een van de subcommissies van de COGEM.

Het Dagelijks Bestuur van de COGEM neemt het besluit over toewijzing van projecten. De voorstellen worden beoordeeld op de volgende criteria:

  • mate van aansluiting bij de onderzoeksvraag;
  • competentie van het onderzoeksteam voor de uitvoering van het voorgestelde onderzoek;
  • helderheid en (wetenschappelijke) kwaliteit van het voorgestelde onderzoek;
  • (uitvoerbaarheid van) het werkprogramma;
  • prijs en kosteneffectiviteit.


Het volgende project staat open voor inschrijving:

Inventarisatie natuurlijke genoomveranderingen (genoomplasticiteit)
In de afgelopen jaren is door onder meer de toename van beschikbare genoomsequenties gebleken dat het genoom binnen een soort variabeler is dan vroeger gedacht. Naast mutaties en kleine veranderingen treden ook grotere herschikkingen, deleties, inversies e.d. op, met name gedurende de meiose. Hierdoor ontstaan nieuwe combinaties van sequenties, regulatiesignalen etc. Deze plasticiteit van het genoom is een belangrijke driver van de evolutie.
In de risicoanalyse van genetisch gemodificeerde planten is de bandbreedte van de natuurlijk optredende variatie en de variatie ten gevolg van ‘conventionele’ verdelingstechnieken de baseline waartegen de risico’s van het ingrijpen door menselijk handelen in het genoom afgemeten worden. Indien een genetische modificatie of gene editing in het genoom geen grotere of andere fenotypische wijzigingen veroorzaakt dan van nature of bij conventionele veredeling al optreden, zal het risico van die modificatie dat van de baseline niet overschrijden.
Een hoge genoomplasticiteit in gewassen en natuurlijke populaties zou betekenen dat de risico’s van menselijk ingrijpen in het genoom verwaarloosbaar zijn zolang er geen soortvreemde sequenties worden ingebracht, aangezien vergelijkbare recombinaties of veranderingen in het genoom zich normaal gesproken ook kunnen voordoen.
De omvang van genoomplasticiteit in gewassen en natuurlijke populaties heeft met name implicaties voor het inschatten van de mogelijke risico’s van ‘intragenese’. Bij intragenese worden in een plant alleen sequenties ingebracht afkomstig uit kruisbare verwanten. Echter in tegenstelling tot cisgenese kunnen dit wel nieuwe combinaties van sequenties zijn, d.w.z. bijvoorbeeld een gen met een promoter van een ander (soorteigen) gen. Hierdoor kan de expressie van een ingebracht gen versterkt worden of kan het gen in ander weefsel tot expressie komen. De vraag hierbij is, valt dit binnen de bandbreedte van de natuurlijke variatie? Kan een dergelijke recombinatie ook optreden ten gevolge van de natuurlijke genoomplasticiteit? Hoe verhoudt dit zich tot de variatie ten gevolge van ‘conventionele’ veredelingstechnieken (zoals klassieke mutagenese, transposontechnologie of  weefselkweek) ?

Onderzoeksvraag:
Omdat er in de afgelopen jaren veel nieuwe kennis over genoomplasticiteit is verschenen, wil de COGEM een inventariserend literatuuronderzoek laten uitvoeren naar de meest recente kennis over natuurlijk optredende veranderingen in het genoom van eukaryoten en naar de veranderingen in het genoom van gewassen bij het gebruik van 'conventionele' veredelingstechnieken.
Hierbij moet niet alleen gekeken worden naar het optreden van variatie maar ook naar de tijdschaal (en het aantal generaties) waarop dergelijke fenomenen zich voordoen. Dit betekent dat zowel de genoomplasticiteit die in natuurlijke populaties en gewassen wordt aangetroffen, als de mate waarin de genoomveranderingen tussen ouders en nakomelingen in ogenschouw genomen moet worden. Voor de risicoanalyse is het van belang te weten of genoomveranderingen zich ‘dagelijks’ (binnen één of enkele generaties) voordoen of alleen op een evolutionaire tijdsschaal. Deze informatie kan afgezet worden tegen de genoomveranderingen die door middel van intragenese geïntroduceerd kunnen worden, zowel ter aanscherping van verkregen gegevens en als aanzet voor een beoogd COGEM-advies over de eventuele risico’s van intragenese (t.o.v. conventionele veredeling en cisgenese).

Doel van het project:
Een inventarisatie van de beschikbare kennis over genoomplasticiteit bij eukaryote organismen die kan dienstdoen als baseline (en gedeelde kennisbasis voor de COGEM-leden) voor de risicoanalyse.

Type onderzoek: deskstudy en interviews (met bijvoorbeeld veredelaars teneinde inzicht te verkrijgen in niet gepubliceerde data over variatie bij eerste generatie nakomelingen).

Onderzoekscall 2019-2: Inventarisatie gegevens over natuurlijke genoomveranderingen