Oproep indienen offerte voor onderzoeksproject over identificatie van cellijnen

Offertes richten aan:     F. van der Wilk, Algemeen secretaris COGEM; info@cogem.net,                                                  

De Commissie Genetische Modificatie (COGEM) laat ter ondersteuning van haar werkzaamheden onderzoek door derden verrichten. Voor een van deze projecten wordt een uitvoerder gezocht. Geïnteresseerden worden opgeroepen een projectofferte in te dienen.

Inschrijving op opengestelde projecten is niet aan voorwaarden gebonden en staat open voor elke geïnteresseerde. Oproepen tot inschrijving worden onder meer op de COGEM website en in de e-mail nieuwsbrief gepubliceerd. De commissie streeft ernaar om tenminste drie offertes per project te ontvangen.

De offerte moet tenminste een duidelijke beschrijving bevatten van de voorgestelde werkzaamheden en een inzichtelijke begroting. Dit betekent dat er een duidelijke koppeling moet zijn tussen de begrote kosten en de voorgestelde werkzaamheden onder vermelding van het aantal ingeschatte uren en een specificatie van de uurtarieven.

Het project zal begeleid worden door een commissie van deskundigen. Deze begeleidingscommissie zal in aanwezigheid van de uitvoerders minimaal drie keer bijeenkomen. De uitvoerders zullen de resultaten van hun onderzoek presenteren in een vergadering van een van de subcommissies van de COGEM.

Het Dagelijks Bestuur van de COGEM neemt het besluit over toewijzing van projecten. De voorstellen worden beoordeeld op de volgende criteria:

• mate van aansluiting bij de onderzoeksvraag;
• competentie van het onderzoeksteam voor de uitvoering van het voorgestelde onderzoek;
• helderheid en (wetenschappelijke) kwaliteit van het voorgestelde onderzoek;
• (uitvoerbaarheid van) het werkprogramma;
• prijs en kosteneffectiviteit.

Het onderstaande project staat open voor inschrijving:

 1) Titel: Controle en identificatie van cellijnen

Gekweekte menselijke en dierlijke cellen zijn onmisbaar in het biomedisch onderzoek. Er zijn tal van verschillende typen cellijnen en een deel is ook genetisch gemodificeerd. Veel van de cellijnen zijn ’onsterfelijk’ en worden al sinds vele jaren doorgekweekt en verspreid onder laboratoria. In de afgelopen jaren is gebleken dat misidentificatie van cellijnen een groot probleem is. Door kruisbesmettingen met andere cellijnen, fouten bij de karakterisering van cellijnen, foute etiketteringen en onbedoelde verwisselingen, wordt soms gewerkt met andere cellijnen dan gedacht. Cellen waarvan oorspronkelijk werd gedacht dat ze afkomstig waren van een bepaald weefseltype, blijken later uit een ander weefsel te komen of afkomstig van een andere soort.

Bekend is dat meer dan 400 veelgebruikte cellijnen over de hele wereld verkeerd zijn geïdentificeerd. Het International Cell Line Authentication Committee (ICLAC), een vrijwilligersorganisatie die zich bezighoudt met deze problematiek, zegt dat ze 32.755 wetenschappelijke artikelen heeft gevonden waarin foutief geïdentificeerde cellijnen zijn gebruikt. De problematiek van verontreinigde of foutief geïdentificeerde of gecontamineerde cellijnen speelt niet alleen bij onderlinge uitwisseling tussen laboratoria, maar ook bij biobanken. Het Amerikaanse ATCC heeft bijvoorbeeld 30 van haar cellijnen als ‘problematisch’ bestempeld.

De consequenties hiervan kunnen aanzienlijk zijn. Conclusies van onderzoek uitgevoerd met deze cellijnen kunnen onbetrouwbaar of foutief zijn, en veiligheidsrisico’s met zich meebrengen. Het testen van virale vectoren op een verkeerde cellijn kan bijvoorbeeld leiden tot een foutieve conclusie over het niet-replicatieve karakter van de vector of resulteren in complementatie of recombinatie van de vector door/met genetische elementen die in cellijnen aanwezig zijn. Daarnaast kunnen cellen op een te laag inperkingsniveau gehanteerd worden.

De grootte en aard van het probleem is de afgelopen jaren onderkend door veel betrokkenen. Er zijn richtlijnen opgesteld en methoden bedacht om cellijnen te identificeren en te verifiëren. Verschillende wetenschappelijke tijdschriften vragen om verificatie van de gebruikte cellijnen en er zijn referentielaboratoria ontstaan die dergelijke verificaties uitvoeren. Dit betekent echter niet dat het probleem nu geheel onder controle of uitgebannen is. Onlangs werd gerapporteerd dat 4% van ingediende wetenschappelijke publicaties afgewezen wordt vanwege problematische cellijnen. Dat betekent dat in laboratoria nog steeds gewerkt wordt met foutief geïdentificeerde cellijnen. Onduidelijk is in hoeverre  verkeerde identificatie van cellijnen ook in Nederland speelt.

Onderzoeksvraag: De COGEM wil, met oog op eventuele milieurisico’s, inzicht krijgen in de ernst van de bovengeschetste problematiek in met name Nederland. Hiervoor kunnen bijvoorbeeld  referentielaboratoria e.d. gevraagd worden om geanonimiseerde gegevens over de door hun uitgevoerde testen. Ook kan navraag gedaan worden bij laboratoria die werkzaamheden uitvoeren met ggo’s (onderzoeksinstellingen, bedrijven e.d.) en hun ervaringen bij uitwisseling van cellijnen en over de door hun uitgevoerde testen om misidentificatie te voorkomen. Deze gegevens kunnen worden vergeleken met literatuurgegevens over misidentificatie. Daarnaast wordt gevraagd om een overzicht van de (wereldwijd) genomen maatregelen om het gebruik van foutief geïdentificeerde cellijnen uit te bannen, inclusief de gebruikte cel-standaard en cel-markers.

Doel onderzoek: Inzicht krijgen in de problematiek van foutief geïdentificeerde cellijnen in Nederland met name uit het oogpunt van milieuveiligheid, teneinde te bezien en hoe dit een element meegenomen zou moeten worden in de advisering van de COGEM.

Type onderzoek: deskresearch