De COGEM adviseert de regering over mogelijke risico’s van productie en handelingen met genetisch gemodificeerde organismen (ggo’s) voor mens en milieu. Ook informeert de COGEM betrokken ministers of staatssecretarissen over ethisch-maatschappelijke aspecten verbonden aan genetische modificatie.
De taken van de COGEM zijn vastgelegd in de Wet Milieubeheer (zie: Wet Milieubeheer). Het werkveld omvat alle gebieden in de biotechnologie, van landbouw tot medische toepassingen en van laboratoria tot commerciële introductie. De COGEM adviseert echter niet over voedsel- of veevoederveiligheidsvraagstukken of over mogelijke risico’s voor behandelde patiënten bij medische toepassingen.