Mogelijkheden en onmogelijkheden van de bio-informatica: op weg naar een beoordelingsmethodologie voor genen met een onbekende functie

Voor het uitvoeren van een risicoanalyse voor werkzaamheden met genetisch gemodificeerde organismen (ggo’s) in laboratoria, is in de Regeling ggo een beoordelingsmethodologie vastgelegd. Uitgangspunt bij de beoordeling van de eventuele risico’s bij dit type werkzaamheden is kennis over de functie van de nucleotidensequentie die bij de genetische modificatie toegepast gaat worden. Deze functie kan bijvoorbeeld afgeleid worden van de functie die de sequentie vervuld in het organisme waaruit hij verkregen is.
Nieuwe ontwikkelingen, zoals de synthetische biologie, leiden er toe dat bij werkzaamheden waar ggo’s bij betrokken zijn steeds vaker sequenties gebruikt kunnen gaan worden waarbij voor de risicobeoordeling niet teruggegrepen kan worden op een organisme waaruit de sequentie verkregen is. De te beoordelen sequentie kan dan niet gerelateerd worden aan een proefondervindelijk bewezen eigenschap of functie. Mogelijk kunnen bio-informatische analysemethodieken bij dit soort risicobeoordelingen een helpende hand bieden. Dit is in opdracht van het Bureau GGO en de COGEM aan de hand van een onderzoeksproject onderzocht.

Het opgestelde onderzoeksrapport levert een kritische beschouwing van de tot op heden bruikbare algoritmes en beschikbare databases die toegepast kunnen worden om de vermoedelijke functie van een nog niet nader gekarakteriseerde sequentie op te helderen. Daarbij geeft het rapport praktische aanwijzingen en zijn ter verduidelijking twee schema’s toegevoegd die stapsgewijs weergeven hoe een bio-informatische analyse opgezet kan worden.

De COGEM benadrukt dat er voor een goede analyse betrouwbare databases nodig zijn en deelt de zorg van de uitvoerder over de talrijke op internet beschikbare databases waarvan de kwaliteit niet is gegarandeerd. Het vakgebied van de bio-informatica is complex en betreft een snel veranderend internationaal werkterrein. De COGEM is van mening dat het voor aanvragers van vergunningen en risicobeoordelaars een welkome aanvulling zou zijn als er internationaal gezien afstemming zou plaatsvinden over de kwaliteitseisen waaraan een bio-informatische analyse moet voldoen.

Het COGEM onderzoeksrapport kunt u vinden onder de ‘download publicatie’ knop en de naar aanleiding van de onderzoeksresultaten opgestelde COGEM signalering kunt u hier vinden.