De taken van de COGEM zijn vastgelegd in de Wet Milieubeheer. Als onafhankelijk wetenschappelijk adviesorgaan adviseert de COGEM de regering gevraagd en ongevraagd over mogelijke risico’s van productie en handelingen met genetische gemodificeerde organismen (ggo’s) voor mens en milieu. Daarnaast brengt de COGEM signaleringen uit om de regering te informeren over ethische en maatschappelijke kwesties rondom ggo’s.
Het werkveld van de COGEM omvat alle gebieden in de biotechnologie, van landbouw tot medische toepassingen en van laboratoria tot commerciële introductie. De COGEM adviseert echter niet over voedsel- of veevoederveiligheidsvraagstukken of over mogelijke risico’s voor behandelde patiënten bij medische toepassingen. Ook adviseert de COGEM niet over Arbo-risico’s, omdat deze niet onder de ggo-regelgeving vallen.