De COGEM vervult een onafhankelijke adviesrol op het gebied van genetische modificatie. Om haar taken zorgvuldig en transparant uit te voeren, hanteert de commissie een aantal vaste werkwijzen en procedures. Deze waarborgen de kwaliteit en objectiviteit van de adviezen en signaleringen van de COGEM. De belangrijkste procedures worden op de volgende pagina’s toegelicht. De regels over de organisatie, vergaderingen en werkwijze van de commissie zijn vastgelegd in het Reglement van Orde.