De COGEM bestaat uit 40 (buiten)leden. De COGEM heeft twintig leden die worden benoemd door de minister van Infrastructuur en Waterstaat (IenW) op voordracht van de commissie, en twintig buitenleden die worden benoemd door het dagelijks bestuur. Leden en buitenleden hebben dezelfde rol en taken binnen de COGEM. De voorzitter van de COGEM wordt benoemd door de minister van IenW, gehoord hebbende de commissie.
Leden worden benoemd op persoonlijke titel op grond van hun expertise. De leden van de COGEM zijn verdeeld over drie subcommissies met elk hun eigen aandachtsveld: Ethiek en Maatschappelijke Aspecten (ScEMA), Landbouw (ScL) en Medisch Veterinair (ScMV). Het Dagelijks Bestuur bestaat uit de voorzitter van de COGEM, en de voorzitters van elke subcommissie. In haar werkzaamheden wordt de COGEM ondersteund door haar secretariaat.