Om activiteiten met genetisch gemodificeerde organismen (ggo’s) op een veilige manier uit te voeren, vinden deze werkzaamheden plaats in verschillende typen werkruimten en op verschillende inperkingsniveaus. Er wordt met betrekking tot werkruimten onderscheid gemaakt tussen microbiologische laboratoria (ML), dierverblijven (D, of DM wanneer gewerkt wordt met dieren in combinatie met genetisch gemodificeerde micro-organismen), plantenkassen (PK), plantencellen (PC), en – voor grootschalige werkzaamheden – een ander type werkruimten (MI).
Het inperkingsniveau komt overeen met de vier pathogeniteitsklassen die voor micro-organismen zijn opgesteld (I, II, III of IV). De combinatie van het type werkruimte en het inperkingsniveau resulteert in een ‘categorie van fysische inperking’ (CFI). Voor iedere CFI (bijvoorbeeld ML-I, DM-II, PKa-I) zijn de inrichtings- en werkvoorschriften vastgelegd in Bijlage 9 van de Regeling ggo. In Nederland worden vier niveaus onderscheiden met een oplopende fysische inperking, waarbij voor elk hoger niveau er strengere eisen aan de inrichtings- en werkvoorschriften worden gesteld.
Wanneer een vergunningaanvraag ter advies wordt voorgelegd aan de COGEM, voert de commissie een risicoanalyse uit op basis van de door de vergunningaanvrager verstrekte informatie, aangevuld met eigen literatuuronderzoek en expertise. In haar advies kan de COGEM aanvullende inperkende maatregelen voorstellen om het risico van de voorgenomen werkzaamheden verwaarloosbaar klein te maken.