Binnen de ggo-regelgeving worden micro-organismen ingedeeld in vier pathogeniteitsklassen. Deze indeling is gebaseerd op de eigenschappen van het micro-organisme en de mate waarin het ziekte kan veroorzaken bij mens, dier of plant.
Klasse 1 omvat niet-ziekmakende (apathogene) micro-organismen. Klassen 2 tot en met 4 bevatten micro-organismen die in toenemende mate ziekteverwekkend zijn, waarbij klasse 4 micro-organismen vaak zeer ernstige, potentieel dodelijke ziekte veroorzaken. Aan elke pathogeniteitsklasse is een inperkingsniveau gekoppeld. Afhankelijk van het type geclassificeerde organisme worden deze opgenomen op Bijlage 2 (niet-ziekteverwekkende organismen), of Bijlage 4 (ziekteverwekkende organismen) van de Regeling ggo.
Specifiek voor virussen wordt daarnaast de term ‘strikt dierpathogeen’ gebruikt. Hiermee wordt onderscheid gemaakt tussen virussen die uitsluitend bij dieren ziekte veroorzaken, en virussen die zowel voor dieren als mensen ziekteverwekkend zijn.
De COGEM brengt jaarlijks nieuwe overzichtslijsten uit van door haar geclassificeerde organismen (virussen, bacteriën, schimmels, parasieten, een- en meercellige organismen). Voor planten wordt daarnaast een overzicht bijgehouden van de benodigde inperkingsmaatregelen voor experimenten met gg-plantensoorten.