De COGEM beschikt over een eigen budget om onderzoek te laten uitvoeren. Het onderzoeksprogramma is ondersteunend aan de wettelijk vastgelegde activiteiten van de COGEM; advisering en signalering.

De door de COGEM gefinancierde activiteiten moeten leiden tot een verhoging van de kwaliteit van de adviezen en signaleringen. Dit betekent dat:

• resultaten van onderzoeksprojecten direct leiden tot adviezen en signaleringen;
• de verkregen resultaten toepasbaar zijn in adviezen of signaleringen, of de trendanalyse biotechnologie. Hierbij kan onder meer gedacht worden aan het vroegtijdig herkennen van nieuwe trends, of het verkrijgen van gegevens ter onderbouwing van gesignaleerde trends;
• onderzoeksprojecten informatie verschaffen waarop de commissie kan besluiten een advies of signalering op te stellen;
• onderzoeksprojecten de door de COGEM gehanteerde methodologie verder versterken of onderbouwen.

Het onderzoek van de COGEM richt zich met name op ontwikkelingen op het gebied van introductie in het milieu van ggo’s, het verbeteren van de risico-analyse, het identificeren en categoriseren van aan genetische modificatie gerelateerde ethisch-maatschappelijke vraagstukken en het identificeren van nieuwe wetenschappelijke ontwikkelingen en trends.

Elk jaar stelt de COGEM een onderzoeksagenda op waarin een aantal projecten benoemd worden die openstaan voor inschrijving. De onderzoeksagenda en de prioritering van de onderzoeksprojecten worden, op basis van adviezen van de verschillende subcommissies, vastgesteld door het Dagelijks Bestuur.

Inschrijving op opengestelde projecten is niet aan voorwaarden gebonden en staat open voor elke geïnteresseerde. Oproepen tot inschrijving worden onder meer op de COGEM website en in de e-mail nieuwsbrief gepubliceerd. De commissie streeft ernaar om tenminste drie offertes per project te ontvangen. Bij onvoldoende respons kan besloten worden om onderzoeksgroepen te benaderen.

Offertes moeten tenminste een duidelijke beschrijving bevatten van de voorgestelde werkzaamheden en een inzichtelijke begroting. Dit betekent dat er een duidelijke koppeling moet zijn tussen de begrote kosten en de voorgestelde werkzaamheden onder vermelding van het aantal ingeschatte uren en een specificatie van de uurtarieven.

Het Dagelijks Bestuur van de COGEM neemt het besluit over toewijzing van projecten. Bij de beoordeling van de projecten wordt als hulpmiddel een zogenaamde scoringstabel gehanteerd. Projectoffertes worden beoordeeld op de criteria vermeld in de  tabel. De offertes krijgen voor elk criteriumeen cijfer tussen de 0 en 10 toegekend, waarna aan de hand van de wegingsfactoren een eindcijfer en ranking wordt berekend.

In uitzonderlijke gevallen dat er maar één offerte wordt ingediend en het ook niet mogelijk blijkt om aanvullende offertes te verkrijgen, wordt een drempelwaarde van 5 gehanteerd als minimale kwaliteitseis voor toekenning.