Alle leden van de COGEM worden benoemd op basis van hun (wetenschappelijke) expertise. De benoeming is op persoonlijke titel en niet als vertegenwoordiger van een organisatie. Vanwege hun voor de COGEM noodzakelijke en gewenste expertise, zijn veel van de leden werkzaam binnen het veld van de genetische modificatie. Dit kan potentieel tot belangenverstrengelingen leiden.

Om dit te voorkomen heeft de COGEM regels opgesteld:

• Ten eerste moet openheid betracht worden over mogelijke belangenconflicten.
• Ten tweede mogen leden niet adviseren over vergunningen e.d. waarbij zij betrokken zijn, of over vergunningen in hun directe werksfeer.
• Ten derde worden leden bij hun aantreden gevraagd een zogenaamde integriteitsverklaring te ondertekenen.

Leden die op enigerlei wijze betrokken zijn bij vergunningaanvragen e.d. worden niet om advies gevraagd en hebben geen inbreng bij het opstellen van het betreffende advies. Dit geldt zowel bij behandeling in een vergadering als bij schriftelijke afhandeling. De voorzitter van de COGEM en betrokken subcommissievoorzitter, daarbij ondersteund door de secretaris, zien hierop toe.

De leden vullen elk een formulier in waarin ze hun belangen kenbaar maken. Dit betreft zowel directe werkgevers, nevenfuncties, verkregen onderzoeksgelden en persoonlijke financiële belangen.

De voorzitter van de COGEM heeft naar aanleiding van de formulieren en bij aanvang van het lidmaatschap (en daarna zo vaak als nodig) een gesprek met ieder commissielid over nevenactiviteiten of andere belangen die de onafhankelijkheid van de meningsvorming binnen de COGEM in het geding kunnen brengen. Zonodig worden tijdens deze gesprekken nadere afspraken gemaakt om belangenconflicten te voorkomen.

De inhoud van de formulieren wordt jaarlijks besproken binnen de subcommissies zodat de leden van elkaars eventuele belangen op de hoogte zijn.