Onderzoekscall: Actualisatie taxonomie van schimmelsoorten in de COGEM classificatielijsten

Indienen van projectoffertes tot: 8 april 2025
Offertes richten aan: F. van der Wilk, Algemeen secretaris COGEM; info@cogem.net

De Commissie Genetische Modificatie (COGEM) laat ter ondersteuning van haar werkzaamheden onderzoek door derden verrichten. Voor een van deze projecten wordt een uitvoerder gezocht. Geïnteresseerden worden opgeroepen een projectofferte in te dienen.

Inschrijving op opengestelde projecten is niet aan voorwaarden gebonden en staat open voor elke geïnteresseerde. Oproepen tot inschrijving worden onder meer op de COGEM website en in de e-mail nieuwsbrief gepubliceerd. De commissie streeft ernaar om tenminste drie offertes per project te ontvangen.

De offerte moet tenminste een duidelijke beschrijving bevatten van de voorgestelde werkzaamheden en een inzichtelijke begroting. Dit betekent dat er een duidelijke koppeling moet zijn tussen de begrote kosten en de voorgestelde werkzaamheden onder vermelding van het aantal ingeschatte uren en een specificatie van de uurtarieven.

Onderzoeksprojecten worden begeleid door een commissie van deskundigen. Deze begeleidings-commissie zal in aanwezigheid van de uitvoerders minimaal drie keer bijeenkomen. De uitvoerders zullen de resultaten van hun onderzoek presenteren in een vergadering van een van de subcommissies van de COGEM.

Het Dagelijks Bestuur van de COGEM neemt het besluit over toewijzing van projecten. De voorstellen worden beoordeeld op de volgende criteria:
• mate van aansluiting bij de onderzoeksvraag;
• competentie van het onderzoeksteam voor de uitvoering van het voorgestelde onderzoek;
• helderheid en (wetenschappelijke) kwaliteit van het voorgestelde onderzoek;
• (uitvoerbaarheid van) het werkprogramma;
• prijs en kosteneffectiviteit.

Het volgende project staat open voor inschrijving:

Titel: Actualisatie taxonomie van schimmelsoorten in de COGEM classificatielijsten
De COGEM adviseert over pathogeniteitsclassificaties van micro-organismen. Jaarlijks brengt de COGEM overzichten uit van de door haar geclassificeerde micro-organismen, waaronder schimmelsoorten, om deze inzichtelijk te houden voor derden. Naast actualisaties van deze lijsten, worden ook zoveel mogelijk naamsveranderingen en andere taxonomische wijzigingen meegenomen. Schimmels zijn hierbij een bijzondere groep, omdat ze zowel geslachtelijk als ongeslachtelijk voortplanten. Omdat de geslachtelijke en ongeslachtelijke stadia er verschillend uitzien, hebben schimmels in het verleden vaak verschillende soortnamen gekregen voor deze stadia. In 2011 is internationaal besloten deze duale naamgeving te laten vervallen en over te gaan tot één naam. De naamgeving bevindt zich echter nog steeds in een overgangssituatie. De COGEM hanteert de Mycobank-database als referentie bij het doorvoeren van taxonomische wijzigingen, waarbij verouderde benamingen e.d. ook worden vermeld.
Bij de recente update van de pathogene en apathogene schimmelsoorten bleek dat de lijsten fouten bevatten. Zo zijn door naams- en andere taxonomische wijzigingen van de afgelopen jaren soorten dubbel vermeld geraakt in de lijsten, zijn niet alle naamswijzigingen (correct) doorgevoerd, of staan soorten met hun duale namen vermeld, terwijl ze niet dezelfde actuele enkele naam hebben. Omdat in de lijsten onder meer een groot aantal soorten vermeld staat, is bij de laatste update besloten om niet de gehele lijst te doorlopen op fouten.
Voorgesteld wordt om de lijst door externe experts te laten controleren
Onderzoeksvraag: Correctie van de lijsten met pathogeniteitsclassificaties van apathogene en pathogene schimmelsoorten op dubbele namen en soorten, taxonomische fouten etc.
Doel onderzoek: Verbetering van de lijsten met pathogeniteitsclassificaties. Foutieve naamgeving of taxonomische indeling kan leiden tot een incorrecte inschaling van werkzaamheden of onnodige procedures om schimmels te classificeren.
Type onderzoek: literatuuronderzoek (deskresearch).